沈黙−サイレンスー。

神はどこにいるか、幾度問いかけても答えはない。イエズス会の司祭・ロドリゴは苦悶する。
江戸時代初めの長崎である。キリスト教は禁制である。人々は隠れて信仰を保っている。そのようなところにマカオから２人の司祭が密入国してくる。自分たちの師である神父・フェレイラが棄教したとの噂を聴き、そんなはずはない、ということを確かめにである。マカオにいた唯一の日本人・キチジローを先導役にして。
隠れ住むキリシタンたちは喜び、かくまうが、隠れキリシタンに対する弾圧、追求は厳しい。
隠れキリシタンたち、さまざまな拷問を受けて死ぬ。水攻めにする、焼き殺す、簀巻きにして海に放り込む。ロドリゴと共に密入国してきた司祭のガルペも殺される。
ロドリコもキチジローの裏切りにより捕まる。